转基因木瓜大多采用抗生素抗性基因作为标记基因，再次给转基因食品的安全问题敲响了长鸣的警钟。
绿色和平食品与农业项目主任方立锋说：”我们的调查显示，我国市面的国产木瓜毫无例外都是转基因木瓜。更让人担心的是，这些木瓜都含有抗生素抗性基因。这意味着消费者会因为食用这些木瓜而对某些抗生素产生抗药性，使得抗生素失效。”
绿色和平在2009年4月发现我国市场上销售的国产木瓜全部都是转基因木瓜，随后更发现转基因木瓜的生产超出了农业部唯一允许的广东省，已经在海南非法种植。”转基因木瓜大多会采用抗生素抗性基因作为标记基因，因此，我们很担忧这些大规模在国内销售的转基因木瓜也有严重的健康隐患，”方立锋说。
检测结果显示，各地所销售的国产木瓜几乎全部含有两种抗生素抗性基因：卡那霉素抗性基因（nptII）和四环素抗性基因（tetR），他们分别对卡那霉素和四环素具有抗性。这两种抗生素都被世界卫生组织列为第二级别，为重要类抗生素，意味着这两类抗生素抗性基因不应在食品中出现。联合国粮农组织和世界卫生组织在 2003年联合颁布的转基因植物食品风险评估准则明确指出：”对在临床上应用的抗生素具有抗性的耐抗生素基因不应在食品中出现”。
方立锋说：”转基因食品中的抗生素抗性基因可能会通过转染肠道细菌，而使消费者对这些抗生素产生抗性，也就是耐药性。这种在毫不知情的情况下产生的耐药性，严重威胁消费者的健康，也会紊乱正常的医疗处理。”
绿色和平呼吁相关政府部门立即召回市场上所有的转基因木瓜，重新评估并调整转基因木瓜生产的部署。”这次检测出抗生素抗性基因再次给转基因食品的安全问题敲响了警钟。中国正在考虑批准转基因水稻的商业化生产，13亿人主粮的安全事关重大。我们也建议农业部及相关部门暂停任何转基因水稻商业化种植的进程，并将更多资金投入到已经被证实安全高产的生态农业的推广上。” 方立锋最后强调说。
