绿色和平在3月18及19日，在石马河与东江交汇处、即东深密封管道入口附近进行实地水质抽样调查，以检验密封管道完成前后对环境的影响和实际作用。调查在三处(分别是石马河河口、太园抽水站及密封管道起点)，每隔三小时进行24小时连续抽取样本，共取了32个样本进行化验，以检验输港东江水的水质及潮水涨退对污水倒流入密封管道的影响，所有样本交由香港特别行政区标准及检定中心化验及作出报告。化验结果显示：
- 东深密封管道水质并未达到广东省政府宣称的国家地面水II类标准**,几乎所有样本中的大肠杆菌及氨氮均超标，有的甚至超标近千倍，并有样本发现含有毒重金属汞，其含量超标达280倍之多。
- 密封管道使用以后，石马河水量减少了90%以上，但两岸的工业、生活污水继续流入河道，令到河水污染浓度增加数倍至过百倍，例如大肠杆菌浓度增加120倍，氨氮增加10多倍，致癌物质铬也显著增加。令到依赖石马河河水作为主要饮用、灌溉水源的当地数十万居民的健康和农业产品面临严重污染威胁。
- 严重污染的石马河河水顺流进入东江主流，不仅污染下游广州、东莞等地一千万居民的食水来源，还会随每日两次潮水上涨而倒流到东江中游十数公里，令到位于石马河河口上游仅一百多米的东深密封管道起点 – 太园抽水站的水质无可避免地被严重污染。研究发现，太园抽水站的水源实际上已经含有许多有毒污染物，例如重金属铅、汞和铬，及有机污染物，对粤港千万市民的健康造成严重威胁。
1989年广东省政府进行的东深供水第三期扩建工程，本港提供了17亿港元免息贷款，但工程却因为忽视环境影响和环境保护，1994年投产后仅仅数年便全部报废，浪费了17亿元的巨大投资。目前这个同样忽视对环境影响的47亿元东深密封管道工程正在重复上述问题，现在已经有关注团体提出放弃这个刚启用的密封管道，另外再由港人支付200多亿元兴建新的密封管道，从200公里外的”现在还算干净的”的新丰江水库引水到香港特别行政区。「假如粤港政府继续这种本末倒置、只顾逃避及不愿根治污染源头的政策，谁能保证几年后新丰江水库不会重蹈东江水质迅速恶化的覆辙﹖我们市民又有多少民脂可以继续填补这个恶性循环的无底洞﹖」绿色和平总干事廖洪涛博士批评。
由于本港制造业北移，八成半工厂迁至珠三角地区，集中在东莞与深圳两地，东深供水流域被污染，港人亦需负上大部分责任；加上东深密封管道使用后，石马河水量减少九成以上，造成污染物浓度激增，形成另一种跨境污染。
绿色和平要求粤港政府当机立断，在承认东江水资源严重短缺，水质污染加剧的事实基础上，立即加入珠江三角洲的环境合作，将投资用在根治工业和生活污水的源头上，而非继续 “斩脚趾避沙虫”的错误策略, 并应该全力发展避免污染的生产技术，长远保障粤港市民食水和生态环境的安全。「我们现在有CEPA加强中港两地的经济交流，亦需要环保CEPA改善两地的环境保护。」廖洪涛说
注：*为解决供港东江水污染日益严重的问题，1998年粤港政府签订协议，决定用47亿元(其中23.8亿港元是本港提供的无息贷款)兴建一条从东莞桥头镇到深圳的密封式输水管道，全长59公里，该项目于2003年6月28日完成并投入使用，以取代过往使用石马河供水。当局声称该密封管道将会永久解决供港水质的污染问题。 ** 中国国家地面水II类标准：主要适用于集中式生活饮用水水源地一级保护区、珍贵鱼类保护区及鱼虾产卵场等。
